Wilhelmshaven liegt im Nordwesten Deutschlands an der Nordwestküste des Jadebusens, einer großen Meeresbucht an der Nordsee. Das Stadtgebiet liegt im östlichen Teil der ostfriesischen Halbinsel zwischen Dollart und Jadebusen. Die Wattengebiete in dieser Küstenregion gehören zum Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer.